윤두수(斗壽)의 장남이다,
이이(李珥)의 문인이다.
1582년(선조 15) 진사가 되고
1588년 식년문과에 급제,
승문원정자(承文院正字)가 되었다.
1591년 아버지 윤두수(斗壽)가 당쟁으로 유배되자 사직했다가 정언(正言)으로 복직, 응교(應敎) ·직강(直講) ·사예(司藝) 등을 거쳐
1597년 경상도순어사(慶尙道巡禦使)로 나갔다가 평산부사 등을 지냈다.
1601년 병조참판으로 춘추관동지사를 겸직,
임진왜란(壬辰倭亂) 때 불탄 실록(實錄) 재간에 참여하였고 도승지 ·한성부판윤 등을 거쳐 형조판서를 지냈다.
1618년(광해 10) 인목대비(仁穆大妃)의
폐위에 반대하여 은퇴하였으며,
인조반정으로 예조판서에 등용, 우의정,
좌의정을 거쳐
1627년(인조 5) 영의정을 지냈다.
병자호란(丙子胡亂)이 일어나자 왕을 강화(江華)에 호종했다.
1636년 병자호란 때는 묘사제조(廟社提調)로서 40여 신주(神主)를 강화에 모셔 화를 면했으나 인순왕후(仁順王后)의 신주를 분실, 소홀히 다룬 죄로 파직 유배되었다가
1640년 풀려나 중추부영사가 되었다.
문집에 "치천집"이 있다.
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