본래 서인으로 이이(李珥)· 성혼(成渾)의 문인이었다.
동인이
집권하자 스승을 배반 동인에 가담했다가 주위의 평판이 나빠지자 벼슬을
버리고 고향으로 내려갔다.
이때부터 그는 혁명의 의도를
품고 불우한 선비와 기인·모사들을 규합하여 대동계를 조직, 무술을
연마하는 한편
1598년(선조 22) 호남과 황해도 양쪽에서 일시에 서울을
침공하려 하다가 거사 전에 탄로되어 일망타진되고 말았다.
이사건으로
직접적으로 그 일문의 몰락을 가져온 것이 아니라 동인이 대대적으로
숙청되는 기축옥사로 번졌고,
그의 출신 고을인 전라도는 반역향으로
낙인 찍혀 호남인들의 등용이 제한받게 되었다.
이
무렵 우의정이었던 정언신(鄭彦信)은 여립과 9촌간이라는 이유로 갑산에
유배되어 죽었다.
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